نهایتاً رهبری آیت‌الله خامنه‌ای به رأی گذاشته شد.
٧۴ نفر از اعضا در جلسه حاضر بودند و برای تعیین رهبر به دو سوّم آراء نیاز بود. آراء شمارش شد. یکی از اعضای هیئت رئیسه گفت اگر ۵۰ نفر قیام کرده باشند، رأی آورده است. با شمارش آراء مشخّص شد ۶۰ نفر یعنی ۸۱ درصد حاضرین، برای رهبری آیت‌الله خامنه‌ای قیام کرده‌اند. خود ایشان امّا از جا برنخاست.آقای خلخالی خطاب به ایشان گفت: «آقای خامنه‌ای! تو را به خدا خودت هم رأی بده!». آقای خزعلی میگوید: «تقریباً به اتّفاق به ایشان رأی دادیم ولی خود ایشان به خودشان رأی نداد و تواضع کرد.»حضّار تکبیر گفتند و خبرگان، وظیفه‌ی تاریخی خود را به انجام رساند.
آقای مشکینی به‌عنوان رئیس مجلس در خاتمه‌ی اجلاس گفتند: «خدا را شکرگزاریم که ختم به خیر شد. امیدوارم ان‌شاءالله رضایت حضرت بقیة‌الله‌الاعظم (ارواحناله‌الفداه) را جلب کرده‌ایم.